Program ten począwszy od siódmej edycji jest integralną częścią HyperChem Professional. Obliczenia dokonywane są dwuetapowo: w pierwszym etapie obliczane jest ekranowanie magnetyczne i stałe sparowania spinów przy użyciu opisu mechaniki kwantowej, w drugim  częstotliwości i intensywność widm MNR. 

Spektra wyświetlane są graficznie - istnieje możliwość transferu obrazu do innych aplikacji Windows. Użyte algorytmy są szybkie i umożliwiają przewidywanie parametrów NMR dla molekuł; począwszy od małych systemów organicznych
a kończąc na proteinach. W programie tym zastosowano nowe metody SCF-MO: TNDO/1
i TNDO/2, które znacznie lepiej przewidują przesunięcia chemiczne. Jedynym ograniczeniem liczby symulowanych molekuł może stać się zbyt mała pamięć komputera. 

Program Hyper NMR posiada szerokie możliwości graficzne, jak wyświetlanie widm w formie pojedynczych impulsów, w formie koperty lub obu naraz, wybór rozkładu dla szerokości linii (Gauss, Lorentz), interaktywny wybór impulsów, powiększanie obrazu, kopiowanie i pobieranie widm z innych aplikacji. 

Hyper NMR potrafi załadować system molekularny używając różnych formatów plików - może być przenoszony z HyperChem prosto do HyperNMR przez DDE. Wyświetlenie systemu może być przeprowadzone za pomocą wybranej metody renderingu. 

Kalkulacje przeprowadzane są w dwóch etapach: 

• Obliczenie magnetycznego przesłaniania
  i stałych sprzężeń spinu jądrowego dla każdych wybranych jąder systemu molekularnego, z użyciem opisu struktury elektronowej w kategoriach mechaniki kwantowej. 

• Obliczenie częstotliwości i nateżenia widma NMR na podstawie wyników z pkt.1 (lub sprzężenia i przesłania podanego przez użytkownika) 
  

Widma są wyświetlane w postaci grafiki wraz
z określonymi przez użytkownika szerokościami linii. Różnorodność opcji wyświetlania wyników
z każdego z dwóch kroków, jest dostępna wraz
z możliwością transferu widm w postaci graficznej do innych aplikacji (w celu właczenia grafiki do zewnętrznych wobec HyperNMR dokumentów).

Metody obliczeniowe używane w HyperChem to pół-empiryczne: SC F-MO, TNDO/1 i TNDO/2 przeznaczone do obliczania przesłaniania magnetycznego i stałych sprzężeń spinu jądrowego. Metody te wykorzystują, w zależności od otoczenia chemicznego, różne parametry dla atomów o tej samej liczbie atomowej.

NMR Parameter Calculation. 

HyperNMR oblicza magnetyczne przesłanianie  dla tych atomów w systemie molekularnym, które maja przydzielony spin jądrowy. Korzysta z teorii perturbacji GIAO pola samouzgodnionego z zewnętrznym polem magnetycznym jako perturbacją. Stałe sprzężenia spinu jądrowego są obliczane również przez SCF (z uwzględnieniem interakcji kontaktowej spinu jądrowego Fermiego jako perturbacją). Algorytmy wprowadzone do HyperNMR, w porównaniu z wcześniejszymi metodami, poprawiają czas potrzebny do wykonania obliczeń oraz oferują narzędzia do przewidywania parametrów NMR i widm dla molekuł (od małych systemów organicznych poczynając, a na proteinach kończąc). 

NMR Spectral Simulation. 

Widmo NMR może być symulowane przez HyperNMR w oparciu o obliczenia przesunięć
i stałych sprzężenia spinu (obliczanych w etapie1.), lub przesunięć i stałych sprzężenia spinu otrzymanych z innych źródeł. Nie ma ustalonego limitu liczby jąder w symulacjach NMR: maksymalna liczba zależy jedynie od pojemności pamięci komputera. HyperNMR przeprowadza symulację widma NMR dl spinu 1/2 protona, C13, N15, F19 i P31.

NMR Spectral Presentation. 

HyperNMR jest podatny na dostosowywanie się do wymagań użytkownika w przedstawianiu graficznym widm NMR:

• wyświetla widmo NMR jako poszczególne wierzchołki, jako kopertę lub jedno+drugie 

• zoom i pan 

• dla szerokości linii wybór pomiędzy podziałem Gaussiana lub Lorenca 

• interaktywna aktywacja i dezaktywacja wierzchołków 

• kopiowanie i wklejanie widm do innych aplikacji (jako metapliki Windows) 

TNDO. 

HyperNMR korzysta z dwóch nowych metod SCF-MO dla obliczania własności elektronowych molekuł. Te dwie metody: TNDO/1 i TNDO/2, zawierają zarówno cechy pół-empirycznych konwencjonalnych metod mechaniki kwantowej jak i metod mechaniki molekularnej. Metody zastosowane w HyperNMR niosą, w porównaniu
z dotychczas stosowanymi SCF-MO, wiele wspaniałych ułatwień w zakresie przewidywania przesunięcia. Zasadniczo wprowadzają one do obliczeń mechaniki kwantowej elementy z mechaniki molekularnej (pojecie "typu" atomu
i parametrów ograniczonych do określonego już rodzaju).

Molecular Rendering 

HyperNMR dostarcza następujących opcji w zakresie renderingu:

• oznaczanie atomów za pomocą symboli, nazw, ładunków, wskaźników; 

• wybór pomiędzy renderingiem kul wypełnionych lub kul + cylinderów (kulki
  i patyczki), użycie płaskich lub cieniowanych kul i cylindrów 

• rotacja, zoom 

• wybór lub rezygnacja z pojedynczych atomów lub całych sektorów systemu.