ChemPlus to pakiet wizualizacji zawarty w Hyperchem  Professional. Zawiera:

• Moduł RMS Fit - narzędzie do porównywania struktur molekuł w HyperChem, dowolny wybór korespondujących atomów. 

• Moduł wizualizacji molekuł - trójwymiarowy obraz orbitali, obrazy o rozdzielczości drukarki, kolorowe atomy i połączenia, zmiana formy wyświetlania, koloru i gęstości siatki dla orbitali, etykiety atomów, kopiowanie
  i pobieranie obrazów z innych aplikacji Windows. 

• Moduł manipulacji łańcuchów aminokwasów - pobieranie polipeptydów z HyperChem, obraz polaryzacji każdego aminokwasu sekwencji, porównywanie polipeptydów. 

• Moduł konstruowania kryształów - kontrola rozmiaru, kształtu, czytanie danych z bazy danych Cambridge Crystallographic Database, konstruowanie ręczne, w oparciu o przykłady lub poprzez podanie współrzędnych. 

• Moduły konstruowania cukrów (konstruowanie polimerów z innych komponentów, łączenie polisacharydów, kontrola izomerów, formy, kątów
  i miejsca połączenia), znajdywanie i zapisywanie stabilnych struktur molekuł (podejście stochastyczne), obliczanie i estymacja deskryptorów molekularnych.
  

RMS FIT dostarcza nowego narzędzia do porównania struktur molekuł w HyperChem, zwiększając zakres istniejącej funkcji. 

RMS Fit pozwala: 

• Nałożyć dwie cząsteczki poprzez minimalizowanie odległości pomiędzy korespondującymi atomami
  w dwóch docelowych cząsteczkach (wyświetla błąd resztkowy). 

• Oznaczać korespondujące atomy po ich numeracji wewnątrz cząsteczki lub według kolejności ich wyboru. 
  

MOLECULE PRESENTATIONS Umożliwia tworzenie renderingu molekuł (trójwymiarowy rendering orbit molekuł) i rysunków do dalszej prezentacji i publikacji. 

• wybór pomiędzy renderingiem kul wypełnionych lub kul + cylindrów (kulki i patyczki), użycie płaskich lub cieniowanych kul i cylindrów

• ilustracje o jakości prezentacyjnej: wydruk obrazów w najwyższej rozdzielczości drukarkikolorowanie atomów i wiązań
  z wykorzystaniem całej palety dostępnej
  w Windows. 

• wyświetlanie trójwymiarowych izopowierzchni orbit atomowych jako siatki lub jako nieprzejrzystej powierzchni.

• kontrolowanie gęstości wartościowej i siatkowej izopowierzchni 

• kopiowanie i wklejanie obiektów do innych aplikacji jako metaplików Windows lub jako bitmap 
  

SEQUENCE EDITOR dostarcza narzędzi do manipulowania ciągiem aminokwasów w HyperChem. Sequence Editor pozwala: 

• Czytać pliki FASTA zawierające łańcuchy jednoliterowych symboli aminokwasów 

• Importować z HyperChem polipeptydy
  z drugorzędowymi symbolami strukturalnymi. 

• Szukać konkretnych sekwencji aminokwasów
  w polipeptydzie Pokazywać polarność każdego aminokwasu w sekwencji oraz wyświetlać rozkład dla każdego typu 

• Porównywać podobieństwa dwóch polipeptydów, przy użyciu macierzy Dayhoff’a. 

Z CRYSTAL BUILDER można ręcznie zbudować kryształy w HyperChem, wprowadzając cząstkowe współrzędne lub wybierając spośród zbioru przykładów. Crystal Builder pozwala kontrolować wygląd i rozmiar budowanego kryształu. 

Ponadto Crystal Builder: 

• Pozwala odczytywać bazę danych Cambridge Crystal w HyperChem i umieszczać je
  w HyperChem 

• Zawiera ponad 20 przykładowych struktur krystalicznych, szczególnie użytecznych w celach edukacyjnych 

• Pozwala kontrolować kształt i rozmiar kryształu. 

• Pozwala określić typ kryształu, określając wskaźnik Millera 

Z SUGAR BUILDER można budować polisacharydy
z poszczególnych komponentów. 

Sugar Builder pozwala:

• Budować polisacharydy z aldozy i ketozy, a także aminocukry, cukry N-acyl, cukry inozytowe
  i odtlenione. 

• Mieć kontrolę nad izomerem (D lub L), formą (acykliczną, alfa lub beta), kątami (phi, psi)- wszystko dla każdego typu sacharydów.

• Konstruować polimery z innych, komponentów, niekoniecznie sacharydów używając specjalnego interfejsu użytkownika

• Przeprowadzać symulacje używając rozszerzenia AMBER zaprojektowanego specjalnie dla sacharydów 
  

CONFORMATIONAL SEARCH - moduł ten służy do znajdywania stałych struktur molekuł, wykorzystując podejścia stochastyczne oparte na modyfikacji kątów torsyjnych. Conformational Search posiada szeroki zakres opcji umożliwiających dostosowanie przeszukiwania według poszczególnych potrzeb. 

Moduł ten pozwala:  

• Wybierać kąty skręcania wykorzystując metody selekcji  z HyperChem 

• Studiować fleksybilność pierścieniową używając rozszerzenia opartego na metodzie Kolossvary i Guida 

• Zachowywać wszystkie wstępnie akceptowalne struktury jako procesy       w toku i wrócić do wcześniejszych wyników 

• Zachowywać wszystkie szczegóły procesu badawczego do pliku 

• Wyświetlać rezultaty w formie tabel, które mogą być następnie skopiowane do arkusza kalkulacyjnego w celu głębszych analiz  
  
  

QSAR PROPERTIES pozwalają obliczać i szacować różnorodność cech opisujących molekuły, które zwykle wykorzystywane są w studiach QSAR. Większość metod zostało opracowanych dla molekuł organicznych i tam mają zastosowanie. QSAR umożliwia szacowanie:

• Ładunków atomowych - wykorzystując metodę Gasteiger-Marsili Mas atomowych 

• Energię uwadniania peptydów i innych podobnych struktur (QSAR wykorzystuje metodę Scheraga) 

• Log P, wskaźnik hydrofobowy - wykorzystując metodę Ghose, Pritchett i Crippen 

• Współczynnik załamania - bazując na metodzie Ghose i Crippen 

• Polaryzowalność - bazując na metodzie K.J. Miller'a
  

SCRIPT EDITOR - jest to jedna z najbardziej wszechstronnych cech tego programu, dopuszczająca kontrolę z zewnątrz, przy użyciu skryptów lub programów zewnętrznych. Script Editor jest narzędziem pomocnym zarówno w opracowaniu skryptów jak i wysyłaniu wiadomości skryptowych wprost do HyperChem w postaci polecenia liniowego. 

Moduł ten pozwala:

• Przesyłać wiadomości skryptowe bezpośrednio do HyperChem.

• Wybrać wiadomość skryptową z dialog box, które zawiera wszystkie dostępne wiadomości 

HYPERCHEM DATA jest bazą danych dla przechowywania i zarządzania informacją chemiczną.
W szczególności może być używany do przeszukiwania tabel struktur chemicznych i właściwości chemicznych przechowywanych w bazie danych. Bazy mają formę baz Microsoft Access. Bliski związek z HyperChem może zostać ustanowiony w ten sposób, że HyperChem umieszcza systemy molekularne i obliczone właściwości w bazie danych - w automatycznie ustalony sposób. HyperChem Data można używać jako osobny program lub w połączeniu z HyperChem.  

HyperChem Data zawiera trzy podstawowe funkcje: 

• Dostarcza zestawy narzędzi do rysowania, (pozwala stworzyć dowolny system molekularny i zapisać go w formacie Windows metafile). 

• Pozwala przechowywać systemy molekularne razem z ich właściwościami. Użytkownik może przeszukać bazę w celu znalezienia cząsteczek spełniających dokładnie dane wymagania. 

• HyperChem Data pozwala wywoływać HyperChem w celu wyliczenia właściwości danych cząsteczkach przechowywanych w HyperChem Data  
  

Wraz z POV-Ray dostarcza narzędzi do tworzenia wysokiej jakości rysunków molekularnych z HyperChem. Używa on połączenia DDE z HyperChem do tworzenia wejściowych plików *.pov dla POV-Ray.